Alonso fue Investigador en CERAC en la línea de investigación Analisis de Conflicto y Violencia Política; también colaboró en la línea de Violencia Armada y Desarrollo.

Alonso cuenta con experiencia en el análisis de grupos armados de conflicto, procesos de Desarme, Desmovilización y Reinserción (DDR) e iniciativas de reducción de violencia armada. Ha participado en consultorías como miembro del equipo evaluador de la Misión de Apoyo al Proceso de Paz de la OEA en Colombia (MAPP/OEA); en temas relacionados con iniciativas locales no estatales de seguridad y justicia; en la relación del proceso de DDR y reintegración comunitaria con la seguridad de comunidades locales; y los riesgos y mecanismos de protección de las personas y comunidades en procesos de reclamación de tierras en Colombia. Fue becario del programa de Jóvenes Investigadores de Colciencias en 2011 y se desempeñó como asistente de investigación en el Grupo de Memoria Histórica para el proyecto de memoria y resistencia de la Comisión Nacional de Reparación y Reconciliación.